In Afrika schickten sich ursprünglich 53 Mannschaften an, die Qualifikation in Angriff zu nehmen. Im Spielplan taucht dabei auch WM-Gastgeber Südafrika auf, obwohl sich das Team gar nicht mehr qualifizieren muss. Das lässt sich damit erklären, dass die Spiele zugleich der Qualifikation für die Afrikameisterschaft 2010 dienen.

Zunächst galt es, die Zahl auf 48 zu reduzieren. Also sollten die zehn Teams, die in der FIFA-Weltrangliste am schlechtesten platziert waren, in fünf Play-off-Duellen mit Hin- und Rückspiel gegeneinander antreten. Da São Tomé & Principe und die Zentralafrikanische Republik kurzfristig zurückzogen, musste neu gelost werden. Swasiland und die Seychellen erhielten ein Freilos. Es blieben drei Spiele in der Vorausscheidung, drei Mannschaften blieben alo auf der Strecke.

Die 48 Teams werden nun in zwölf Vierergruppen gelost. Im Meisterschaftssystem mit Hin- und Rückrunde werden hier die Gruppensieger und die acht besten Zweiten ermittelt, die in die entscheidende dritte Runde einziehen. 20 Manschaften befinden sich dann also noch im Rennen. Verteilt auf fünf Vierergruppen, werden nach dem aus der zweiten Runde bekannten System letztlich die WM-Tickets vergeben. Und die fünf Gruppensieger fahren zur WM nach Südafrika.